Cuenca sinh ngày 30 tháng 12 năm 1987 tại San Jose, California, Hoa Kỳ, đến năm 3 tuổi gia đình anh chuyển về Manila sinh sống. Jake xuất thân trong một gia đình khá giả tại Manila. Cha anh tên là Juan Tomas Cuenca, là một kiến trúc sư người Mỹ gốc Tây Ban Nha, đến từ Valencia, Tây Ban Nha, và mẹ anh là một nữ doanh nhân thành đạt người gốc Philippines đến từ Ilocos Norte tên là Rachele Leveriza. Anh có một anh trai tên Rufo và một em gái tên Bea, anh là con trai thứ hai trong gia đình. Anh từng là học sinh của trường PAREF Southridge, một trường nam sinh ở thành phố Muntinlupa[1].